Het doel van orthomoleculaire voeding is ervoor te zorgen dat elke cel alle benodigde nutriënten krijgt, zodat alle functies en processen de kans krijgen om optimaal te verlopen. Hierbij willen we deze nutriënten het liefst zoveel mogelijk vanuit de voeding laten komen, maar indien nodig kunnen er (tijdelijk) supplementen worden ingezet. In het ideale geval wordt een orthomoleculair voedingsadvies preventief ingezet. Hiermee wordt het dier in optimale gezondheid gebracht en gehouden, en worden ouderdomsklachten en chronische ziekten voorkomen dan wel verminderd. Een gezonde voeding draagt namelijk bij aan een optimale epigenetische status van het dier. Epigenetica
bepaalt welke genen aan- en uitgezet worden, dus het kan zo zijn dat je hond een gen voor een bepaalde aandoening heeft, maar als dit gen nooit geactiveerd wordt zal hij ook niet ziek worden. Een gezonde leefstijl heeft een grote invloed op epigenetica, en voeding maakt hier een groot deel van uit.
Daarnaast kan orthomoleculaire voeding ook bij klachten ingezet worden. Denk hierbij aan allergieën, huidproblemen, of gewrichtsklachten. Vaak kan er een aanzienlijke verbetering behaald worden, maar dit is uiteraard onder andere afhankelijk van de aard en duur van de klacht. Bij klachten zullen er ook veel vaker supplementen ingezet moeten worden.